برای نگهداری ایده آل، زعفران باید از نور و رطوبت محافظت شود. بهترین ظروف نگهداری زعفران در درجه اول ظروف فلزی و بعد ظروف شیشه ای رنگی است.
ظروف پلاستیکی برای نگهداری مناسب نیستند زیرا در مدت کوتاهی اسانس آن کم شده و از مرغوبیت زعفران کاسته می شود. همچنین بهتر است هنگام مصرف به صورت پودر درآید یا پودر آن در زمان کوتاهی مصرف شود
چون اسانس از پودر زودتر تبخیر می شود. در ضمن، دم کرده زعفران را می توان در قسمت خنک یخچال تا یک هفته نگه داشت.